Pilze mit einem Küchentuch säubern und fein würfeln. Zwiebel schälen und ebenfalls klein schneiden. Zitrone heiß abwaschen, trocknen und ca. 1/2 bis 1 TL Schale abreiben (je nach Geschmack). Kräuter waschen, trocken schütteln und fein hacken. Käse grob reiben (etwas zum Bestreuen beiseitelegen).
Alle vorbereiteten Zutaten (Pilze, Zwiebel, Kräuter, Zitronenabrieb, Käse) in einer großen Schüssel vermengen und mit Salz und Pfeffer abschmecken.
Butter in einem kleinen Topf bei niedriger Hitze schmelzen.
In einer separaten Schüssel Eier aufschlagen, Milch, geschmolzene Butter, Mehl und Backpulver dazugeben und alles zu einem glatten Teig verrühren. Mit etwas Salz und Pfeffer würzen.
Die Pilzmischung unter den Teig heben. Den Teig gleichmäßig auf 12 Muffinförmchen verteilen und mit dem restlichen Käse bestreuen.
Den Ofen auf 200 °C (Ober-/Unterhitze) vorheizen. Muffins ca. 25–30 Minuten backen, bis sie goldbraun sind.